Rückschlüsse auf die rassische Zusammensetzung der frühen Siedler lassen sich erst in der in Bezug auf die Jungsteinzeit schließen. Als Europas Eiszeitgletscher in der letzten Phase der Altsteinzeit zurückgingen, trockneten die nordafrikanischen Gebiete aus. So waren die Nomaden gezwungen sich in die wenigen fruchtbaren Gebiete, vor allem in die Streifen beiderseits des Nils zurückzuziehen. Hier lebten nun Menschen dicht zusammen, die bis dahin weite Räume besiedelt hatten. Dies brachte die Vermischung verschiedener Elemente mit sich. Diese frühe Bevölkerung bestand aus Angehörigen der Mittelmeerrasse. Dies waren feingliedrige, schmächtige Menschen mit schmalen Köpfen und dunklen Haaren. Zuwanderungen semitischer Stämme mit breiten Köpfen aus dem Vorderen Orient brachten vermutlich die Kenntnisse über den Getreideanbau mit. Der geschichtliche Ägypter entstand vermutlich aus der Mischung von afrikanischen und vorderasiatischen Elementen. Er zeichnet sich durch mittegroßen Wuchs, starken Knochen und Gelenken und einen großen Kopf aus.

Die Kultur von Merimde im nördlichen Unterägypten gehört dem Neolithikum an (5000 v. Chr.) Dort fand man Reste von ovalen, aus Rohgeflecht und Lehm bestehenden Hütten mit geglättetem Boden. Der Anbau von Emmer (einer Weizenart) und Gerste waren schon bekannt. Dies bezeugen Funde von Kornspeichern mit 2,60 m Durchmessern und Feuersteinsicheln mit hölzernen Griffen. In Merimde wurden aufrecht in den Boden gesteckte Nilpferdknochen entdeckt, welche auf einen kultischen Ritus oder eine Begräbnissitte schließen lassen. Die Menschen die in Merimde lebten waren Jäger und Ackerbauern. Neben polierten Steinwerkzeugen stellten sie auch solche aus Knochen her. Sie besaßen handgeformte Gefäße aus Ton und fertigten Halsketten und Anhänger. Sie verwendeten Körperfarben und hielten als haustiere Rinder, Hunde, Schafe, Ziegen und Schweine. Ihre Toten setzten sie innerhalb der Siedlungen, manchmal direkt unter den eigenen Behausungen bei. In Oberägypten entspricht die etwas spätere Kultur von Tasa der Merimde-Kultur. Wichtigste Fundplätze sind Tasa und Mostagedda. Die Tasier waren Nomaden und Hirtenstämme, die den Ackerbau kannten. Sie hatten polierte Steinäxte und grobe und ungleich gebrannte Tonwaren. Der Tulpenbecher mit ausgezogenem Rand ist eine bezeichnende Gefäßform. Ornamente wurden geometrisch in die Töpferwaren eingeritzt und dann mit weißer Erde ausgefüllt. Sie erinnern an Flechtmuster und Lederarbeiten. Hier taucht zum ersten Mal die für Ägypten typische Schminkpalette auf. Die Tasier setzten ihre Toten außerhalb des Dorfes in rechteckigen oder ovalen Gräbern in Hockstellung bei. Die Toten ruhten auf der linken Seite, den Kopf nach Süden und das Gesicht nach Westen gerichtet. Ihre Körper waren in Ziegenfelle oder Laken gehüllt und mit einer Matte bedeckt. Dieser Bestattungsritus war noch weit bis in die Geschichte verbreitet.